با اینکه هیچ درمانی برای معالجه سندرم جانسون بلیزارد وجود ندارد ولی برای برطرف کردن بعضی از علامتهای آن درمان وجود دارد. براساس شدت سندرم جانسون بلیزارد، انتخاب نوع درمان برای برطرف کردن علائم در افراد مختلف متفاوت است.
نقص پانکراس و سوءجذب می‌تواند با تجویز آنزیمهای پانکراس مثل پانکرلیپاز (pancrelipase) و دیگر روش‌ها برطرف شود.
بدشکلیهای صورت و اسکلت می‌تواند با تکنیک‌های جراحی مثل پیوند استخوان و استئوتومی ترمیم شود.نقص شنوایی می‌تواند با سمعک و وسایل مشابه بهبود یابد.
آموزش مخصوص، روش‌های یادگیری دونفره، کاردرمانی می‌تواند وضعیت عقب ماندگی ذهنی آن‌ها را بهتر کند تا هم برای پدر و مادر و هم برای جامعه مفید باشند.