یکی از عواملی که یائسگی زودرس به وجود می آورند بیماری های خود ایمنی هستند. در یک بیماری خودایمنی، سیستم ایمنی به بخش هایی از بدن حمله می کند، زیرا این بخش را با مهاجمان اشتباه گرفته است. این حمله می تواند تأثیر زیادی بر روی سیستم تولید مثل در زنان داشته باشد.

بیماری های خود ایمنی مانند بیماری تیروئید و آرتریت روماتوئید اغلب با یائسگی زودرس ارتباط دارند. یک مطالعه که در سال ۲۰۱۶ در مجله Clinical & Diagnostic Research منتشر شده است گزارش می دهد که تیروئید خودایمنی شایع ترین بیماری خود ایمنی مرتبط با نارسایی زودرس تخمدان است.